腸菌失衡不單令腸道易受感染，現有不少研究指出亦與多種疾病有關。最直接是腸胃疾病，有可能會出現炎症性腸病如克隆氏症、潰瘍性結腸炎及腸易激綜合症，徵狀如腹瀉、腹痛等。
影響體重——腸菌失衡與肥胖有關，現時中大正研究腸菌移植，醫治肥胖及相關疾病。（資料圖片）
近年腸菌研究範圍愈來愈廣泛，涉及腸胃系統以外的毛病。「以前醫學界的腸菌研究，大多集中在腸胃疾病，但現開始研究腸胃以外的健康問題。」範圍由大腦至癌症不等，黃秀娟說暫時未有確實證據指改善腸菌可治癒這些疾病，相信未來有更多這方面的研究；不過維持腸道平衡，的確有助減少患病風險。
癌症
2015年中大一份研究發現，腸菌失衡會增加大腸癌風險。另有研究指出腸菌失衡亦與胃癌及肝癌有關，因上述癌症患者腸內益菌壞菌的分佈，不如一般健康人士般平衡及繁多。真正原因仍有待發掘。
免疫系統疾病
腸道益菌有助激活T細胞，提升免疫力，若腸菌失衡，益菌數量不足，會影響免疫力，因此有研究把益菌聯繫至一眾與免疫系統有關的疾病，包括類風濕關節炎及過敏症如濕疹等。
自閉症、情緒病、認知障礙
不少研究指出腸菌與自閉症有關，2016年由美國及澳洲多間大學的研究發現，腸菌平衡有助改善自閉症徵狀。另有研究認為腸菌與抑鬱症及認知障礙症有關係，目前的解釋為腸菌會發出信息，刺激腦部活動，影響行為模式、情緒、睡眠質素、認知功能等。年老後腸菌種類減少，如欠缺益菌，或加速認知能力等退化。
肥胖及糖尿病
腸菌與肥胖有關，2013年一個由美國、法國、丹麥等不同大學合作的研究中，邀請4對一肥一瘦的孖女，將肥胖女孩的腸菌移植至瘦老鼠身上，一段時間後老鼠變胖；同時間，偏瘦女孩的腸菌亦移植去另一隻老鼠身上，則發現老鼠的體重不變。從實驗看到，腸菌與肥瘦狀態有關，相信瘦人的腸菌，有助提升胰島素的敏感度，減少血液中的糖分，降低肥胖風險。另外，有些腸菌可影響吸收及消化能力，容易令人變瘦。
