香港在新冠肺炎疫情將近一年來已錄得逾8000人確診，累計逾140人離世。根據理工大學團隊基因分析發現，本港最少曾出現過9種病毒基因型，當中8種均外來輸入。由本港第一波疫情O型病毒株「落地生根」，其後爆發長康邨、火鍋、麻將家庭群組開始，至9月底曾有數天達到「清零」，至後來第四波突然發現由GR變GH型病毒株，至今仍未清，而近期更有輸入個案出現兩種病毒分型，包括英國輸港個案出現N501Y變異的病毒株，研究人員擔心若再流入社區，本港將「屋漏偏逢連夜雨」，難同時應付兩大傳播鏈。
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理大：本港歷四波疫情曾現9種病毒株 8屬輸入
香港理工大學醫療科技及資訊學系副教授蕭傑恒的團隊自2月11日起分析本港新冠病毒的基因排序。初期研究已發現，本港第一波疫情以S型、L型及O型病毒株為主。當中S型及L型為當時在中國內地流行的病毒株。而本港第二宗個案是首名進入香港市區的確診者，他體內的O型病毒株正是其後在港大規模爆發和「落地生根」的分型，包括青衣長康邨、火鍋家族、麻將家族等。蕭傑恒稱，這代表有病毒源頭在很短期間內持續傳染他人，至佛堂群組後終結。
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第二波：3月由歐美、北非輸入G型
第二波疫情3月湧入，隨歐美、北非抵港者帶入G型，即帶D614G突變的病毒株，傳播力較原始L型病毒高最少10倍，包括埃及旅行團和歐美留學生等，病毒流入了社區後，愉景灣婚禮群組正屬G型，這波延至酒吧群組後終結。
第三波：GR型病毒株延至交通城群組
第三波疫情則主要由GR病毒株（G的一種）主導，禮頓山家庭是首個社區找到的GR1型組群，與在附近居住的確診哈薩克機組人員的病毒基因排序接近一樣，很可能是家庭爆發源頭。團隊7月初再在輸入個案找到GR2型病毒株，幾乎同時在新發茶餐廳收銀員發現同一病毒株，其後眾多的士司機感染，並遍佈全港的源頭不明個案，如沙田水泉澳邨、慈雲山爆發、港泰護老院、屯門富臨群組、葵青貨櫃碼頭，直到9月初大圍交通城群組都屬這病毒株。
蕭傑恒相信，因6月政策容許海員毋須強制檢疫和甚至不用留樣本化驗致爆發，直至收緊需留樣本後，才發現海員和機組人員的病毒基因與本地主要傳播鏈幾乎一樣，他們分佈全港各酒店，「好像在不同社區播種，一下子導致不同規模爆發」。
第四波：突變GH型 涉最多人歌舞群組 至今未清
本港9月底曾試「清零」數天但無以為繼，第四波隨即泊岸。蕭傑恒團隊10月11日基因分析，突然發現由GR變GH型，形容如「一夜變天」，再取9月底輸入個案的病毒與較先出現的中環「無二」 和「China Secret」群組比對，相信印度和尼泊爾輸入個案最似爆發主因，其後帝苑酒店、梅窩住宿假期群組，以至至今最多人的歌舞群組的基因幾乎一樣，第四波至今未平。
抗疫一年，蕭傑恒認為本港衛生防護中心圍堵政策「好強」，本港未試過因本地傳播鏈未斷再引起爆發，四波無關連且分別由不同輸入個案導致，續稱第四波初期成功「圍住咗佢（輸入個案）」，小型社區群組流傳約一個多月後，至遇上歌舞群組如點藥引「砰一聲爆發」。
他說，「第三波疫情在9月底已瓦解，我們捱得這麼辛苦傳播鏈斷了做到清零，但很不幸外國疫情再傳入香港…… 為何明明得一個入口（機場）都可以流入這麼多個案？機場檢疫發生了什麼事？」
蕭傑恒說防止旅客離開機場後接觸社區是關鍵，設檢疫酒店和點對點交通能建立由機場接駁酒店的「隱形隧道」直至完成檢疫，大減輸入漏洞，「每一波大家都好像上一堂，真的看漏了輸入的問題，是導致第四波爆發的其中一個原因…… 希望（新措施）能避免第五波出現」。
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英國輸入GV型及變種病毒株
第四波未清，本港11月底又在英國抵港者身上發現第八種分型，即GV病毒株；同時，近期在多宗英國輸港個案中，發現傳播力更高的、有N501Y變異的病毒株。蕭傑恒說，如本港邊防仍有漏洞將「屋漏偏逢連夜雨」，說「已經忙着應付這種（GH），如再放多種入港會很難同時應付兩大傳播鏈。」
本港經歷四波新冠肺炎疫情 （2020年2月至今）
| 疫情階段 | 主要病毒株 |
牽涉群組 |
| 第一波
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。S型和L型病毒株（內地流行）
。O型病毒株 (在港大規模爆發，病毒源頭短時間內持續傳染人) |
青衣長康邨、火鍋家族、麻將家族、佛堂群組等 |
| 第二波
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G型病毒株（歐美、北非輸入。帶D614G突變病毒株，傳播力較原始L型病毒高最少10倍） | 埃及旅行團、歐美留學生傳入社區，至愉景灣婚禮群組、酒吧群組等 |
| 第三波
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GR病毒株（G的一種）：
。GR1型與哈薩克機組人員確診者病毒基因排序接近 。其後GR2型（輸入個案中找到） |
禮頓山家庭（GR1）、新發茶餐廳、的士司機、沙田水泉澳邨、慈雲山爆發、港泰護老院、屯門富臨群組、葵青貨櫃碼頭、大圍交通城群組等 |
| 第四波
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。GH型病毒株（印度和尼泊爾輸入個案為主因，至今未清)；
。GV病毒株（英國輸入） 。N501Y變異病毒株（英國輸入。傳播力更高） |
中環「無二」、China Secret群組、帝苑酒店、梅窩住宿假期群組、歌舞群組等
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（資料僅供參考）
